1.自然保留區:具代表性生態體系或特殊地形、地質，或基因保存、永久觀察、教育研究或是珍稀動植物(共22處保留區)
禁止改變破壞原有的自然狀態
挖子尾自然保留區:水筆仔純林、及相關生物
淡水河紅樹林自然保留區:水筆仔
插天山自然保留區:櫟林帶、稀有動植物
苗栗三義火炎山自然保留區:崩塌斷崖地理景觀、原生馬尾松林https://www.youtube.com/watch?v=MFaPuD1s-H4
九九峰自然保留區:地震崩塌斷崖特殊地景
澎湖玄武岩自然保留區:玄武岩地景
澎湖南海玄武岩自然保留區:玄武岩
烏山頂泥火山自然保留區:泥火山地景https://www.youtube.com/watch?v=gA_oyc8ucKc
墾丁高位珊瑚礁自然保留區:高位珊瑚礁及其特殊生態
旭海觀音鼻自然保留區:高自然度海岸、陸蟹、原始海岸林、地質景觀、歷史古道
大武事業區台灣穗花杉自然保留區:台灣穗花杉
大武山自然保留區:野生動物跟其棲息地、原始林、高山湖泊
台東紅葉村台東蘇鐵自然保留區:台東蘇鐵
出雲山自然保留區:闊葉樹、針葉樹天然林、稀有動植物、森林溪流、淡水魚
台灣一葉蘭自然保留區:一葉蘭
南澳闊葉樹林自然保留區:暖溫帶闊葉林、湖泊、稀有動物
烏石鼻海岸自然保留區:天然海岸林、特殊地景
鴛鴦湖自然保留區:湖泊、沼澤、紅檜、東亞黑三棱
哈盆自然保留區:天然闊葉林、山鳥、淡水魚
坪林台灣油杉自然保留區:台灣油杉
關渡自然保留區:水鳥
北投石自然保留區:全世界僅有2處的北投石(保育礦石之先)
2.國家公園:具國家代表性的自然區域或人文史蹟(共9座國家公園)
1.保育
2.育樂
3.研究